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Le webmaster d'un site référencé sur Hérodote est à tout moment libre de demander la modification de son référencement (dans les limites ci-dessus); il peut également en demander la suppression, sans qu'Hérodote ne puisse s'y opposer.

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Un refus de référencement ou une suppression de référencement peut être contesté par le webmaster du site concerné, ou plus simplement par la personne qui le propose. Hérodote peut, devant les arguments avancés, soit revenir sur sa décision et enregistrer le site, soit confirmer son refus sans qu'il ne soit alors possible de contester cette seconde décision.

Malgré le contrôle effectué lors du référencement, Hérodote ne peut ni contrôler la totalité des sites, ni suivre leurs évolutions. De ce fait, Hérodote ou son webmaster ne peuvent être tenu pour responsables de leur contenu. Hérodote prie toute personne constatant dans un site référencé l'existence d'un motif justifiant la suppression du site de l'en avertir afin de prendre les mesures nécessaires.